9月14日，港口公司已提前召开防台工作会议，部署超强台风“山竹”的防台工作，启动三防应急工作。一是按港务海事有关规定停止船舶作业，安排船舶离港；二是检查落实物业、仓库、露天货物防护措施；三是检查做好下水管道、沙井和污水池的清理、疏通工作，确保排水畅通；四是检查做好设备、码头设施等防台措施；五是从9月14日起，安排防台值班，密切关注监控台风的动态和潮水水位情况；安排公司班子及中层干部带班，并确保人员安全。

9月16日当天，持续不断的狂风暴雨，加之遇上可怕的风暴潮，海水倒灌，潮水涌入办公楼，南伟码头陷入一片汪洋。港口公司领导班子带头，组织抗击台风共38人次，组建两支抢险队伍，勠力同心，24小时驻守在码头前线，立即启动应急响应：一是为安全起见，立即切断码头高压低压电源，确保整个码头处于断电断网状态，防止漏电；二是组织人员疏散、清点人数，确保全体人员安全转移；三是全体抢险人员立即响应，用提前准备的沙包堵截洪水，禁止人员靠近货堆、集装箱，避免人员伤亡。

9月17日上午，台风强度逐渐减弱。港口公司班子立即对南伟码头开展灾后复工前全面的安全检查，包括检查电气线路和配电设施、检查所有设施设备、落实设备检修试运行。公司领导要求对排查发现存在问题进行整改，对所有设施设备，特别是电气线路，必须进行试运行，确保无问题后才能正式复工。